Questa università fu fondata dal cardinale Cisneros nel 1499, diventando nei secoli XVI e XVIII un centro di riferimento accademico. Qui insegnarono o studiarono figure chiave della cultura spagnola come il filologo Nebrija; Ignacio de Loyola, fondatore dei gesuiti; il teologo e storico, Juan de Mariana; lo scrittore mistico Juan de la Cruz o gli scrittori del Secolo d'oro spagnolo Lope de Vega o Quevedo.
L'Università di Alcalá, con quasi 29.000 studenti, 2.200 professori e 46 lauree, si distingue nel sistema universitario spagnolo per il suo lavoro di ricerca, le relazioni internazionali o la storia e la conservazione degli edifici che ospitano le sue strutture nella città di Alcalá, città Patrimonio dell'Umanità, e le sue moderne strutture nel campus di Guadalajara.